A magyar kisebbség vallási megoszlása Kárpátalján a következő 110 000 református, 70 000 római katolikus, 30 000 görög katolikus, közel 1000 izraelita (becsült adatok).
A Kárpátaljai Református Egyház - püspöke jelenleg Horkay László - közel száz gyülekezete három egyházmegyéhez tartozik: ungi, beregi és máramarosi-ugocsai.
Miután 1944-ben Kárpátalját bekebelezte a Szovjetunió, az elárvult református gyülekezetek kénytelenek voltak önálló egyházzá alakulni. Az állam azon egyházpolitikai törekvése, hogy a reformátusok csatlakozzanak a Szovjetunióban élő baptistákhoz, megtört a kárpátaljai lelkészek ellenállásán. Erre az aktusra az 1947-es bátyúi konferencián került sor, ahol a kárpátaljai lelkészek szembeszálltak a moszkvai baptistákkal. Áldozatos munkával sikerült megalakítani a Kárpátaljai Református Egyházat, amelynek a vezetőjét, Genczy Bélát először főesperessé, később pedig püspökké nevezték ki, akire nagy politikai nyomás nehezedett, kénytelen volt békepapként is hallatni hangját, miközben közel 20 lelkésze a GULAG-ra került.
A megtorlás első hulláma három lelkipásztort ért el: Narancsik Imre nagymuzsalyi, Balogh Sándor eszenyi és Szutor Jenő beregszászi lelkészt letartóztatták és a múltban kifejtett politikai tevékenység vádjával 25 évre elítélték. Ismeretlen helyen, fogolytáborban haltak meg. A 30-as években alakult Baráti Körhöz tartozó kárpátaljai lelkészeket szintén letartóztatták, amiért levelet mertek fogalmazni Sztálinnak, amelyben egyebek között „figyelmeztették Sztálint Isten előtti felelősségére". Először a levélírás szervezőit: Horkay Barna nagyszőlősi és Zimányi József mezőgecsei lelkészt csukták le 1947. október 17-én. Majd 1948-ban került börtönbe Simon Zsigmond asztélyi lelkész, Fekete Gyula könyvkereskedő, 1949-ben pedig Pázsit József munkácsi, Györke István beregújfalui, Asszonyi István forgolányi, Huszti Béla kígyósi, Kovács Zoltán tiszaújlaki és Gulácsy Lajos munkácsi segédlelkész, valamennyiőjüket 10-től 25 évig terjedő lágeréletre ítélték.
Még később is perbe fogtak több lelkészt (Forgon Pál viski, Gönczy Pál nagydobronyi, Vass József técsői és Tárczy Dániel kisdobronyi papot), azzal vádolták őket, hogy az 1950-ben alakuló kolhozok ellen agitáltak és bírálták a szovjet politikai vezetést. Sok lelkészt 3 évre felfüggesztettek szolgálatából, a többiek állandó fenyegetettségben hirdették az Igét gyülekezetükben.
Ekkortájt a több mint 100 ezer reformátusnak 90 temploma, 6 imaháza és 55 lelkésze volt. Közben a hatóság ateistái templomokat zárattak be például Verbőcön, Tiszapéterfalván és Beregardóban. Másutt is volt ilyen kezdeményezés, de a gyülekezeti tagok ellenszegültek. A papok a szocialista haladás legnagyobb ellenségeinek számítottak.
A sztálinista korszak vége a munkatáborokban lévő református lelkészek számára is meghozta a várva várt szabadulást. 1956-1957 között fokozatosan visszatérhettek gyülekezetükhöz. Az utolsó megtorlásra az 1956-os pesti felkelés leverése utána került sor, amelynek hatása Kárpátalját is elérte. 1958 decemberében tartóztatták le a Gálocsból Husztra kerülő Gecse Endre lelkészt, azzal vádolták, hogy szovjetellenes tevékenységet fejtett ki a gálocsi ifjak körében, illetve fegyveres felkelésre ösztönözte őket. A koncepciós perre azért nem került sor, mert 1959 január 7-én vallatás közben agyonverték a KGB ungvári pincéjében.
A 70-es és 80-as években a lelkészek száma 20 és 30 között mozgott. Csak 1974-től engedélyezték - a Magyarországi Református Egyház vezetőinek kitartó közbenjárására - az egyháznak, hogy jelölteket képezzen a lelkészi szolgálatra, amely 6 éves tanulmányi időből állt, majd 1988-tól lehetőség nyílt a lelkészjelötek magyarországi képzésére is. Genczy püspök utódlásának kérdése is felvetődött. 1978. január 12-én a 81 gyülekezet presbiterei püspökké választották Forgon Pál beregszászi esperest, s a Magyarországi Református Egyház zsinatának iktatta be tisztébe püspök-elnöke, így - ha lassan is és erős ellenszélben, de - elindult az egyház tulajdonképpeni megújulása és az egyházak életben olyannyira fontos nemzetközi kapcsolatainak elsődlegesen a magyarországi testvéregyházon át vezető kiépülése.
Az egyházi élet reformfolyamata a presbitériumok tisztújító választásával folytatódott. Az egyházi vezetőségi választást 1991 idén és tavaszán tartották. Megerősítették Forgón Pál püspököt hivatalában, helyetteséül Gulácsy Lajost választották, a világi elnök Fodó Sándor lett. Az újjászervezést a zsinati tagok, kerületi és egyházmegyei képviselők választása zárta le személyi téren. Az 1991 augusztusi összeállítás alapján megalakult a 20 főből álló zsinat, a Kárpátaljai Református Egyház legfelsőbb szerve, a zsinatipresbiteri elvek szerint.
A függetlenné vált Ukrajnában a hatalom képviselői szakítottak a korábbi vallásellenes gyakorlattal. Nem avatkoztak az egyházak életébe. Visszaadták az elkobzott templomokat, újak építését engedélyezték. Visszaállították az 1945 előtti három egyházmegyét: az ungit, a beregit, a máramaros-ugocsait. Kárpátalján fellendült a gyülekezeti élet. Időközben Forgon Pál püspököt Gulácsy Lajos, őt pedig Horkay László váltotta fel.
Kárpátalján az ezredfordulón 95 gyülekezetben 34 lelkipásztor szolgál. 48 lelkészjelölt tanul magyar teológiákon Budapesten, Debrecenben és Sárospatakon. Több mint 100 fiatalt vallástanárnak képeztek ki. Sikerült Kárpátalján 3 református gimnáziumot felállítani (Nagydobronyban, Nagyberegen, Tivadarfaluban).
A fiatalok ezekben az intézményekben az életre készülve igyekeznek az európai tudásszinthez felzárkózni. Az egyház saját lapot ad ki Küldetés címmel, amelynek főszerkesztője Balogh Attila.
1999 tavaszán lezajlottak az egyházmegyei és egyházkerületi általános tisztújító választások. Ennek következtében az 1999. július 6-i alakuló zsinati ülésen 24-en mutatkoztak be a zsinat tagjaiként. A Zsinati Tanácsnak 11 tagja van. Az egyház munkáját 11 bizottság és osztály végzi. Fontosabb tisztségviselők: Horkay László püspök, Czirók Béla főjegyző, Balogh János az Ungi, Kopasz Gyula a Beregi, László Károly, a Máramaros-ugocsai egyházmegye esperese, dr. ifj. Oroszi Pál főgondnok, Katkó László világi főjegyző, Szilágyi Lajos a gimnáziumok képviselője, Szanyi K. M. János az Ungi, Nagy Béla a Beregi, Kaszó Sándor, a Máramaros-ugocsai egyházmegye világi gondnoka. Az egyház zsinati irodája Beregszászban van.
A II. világháború után Kárpátalja római katolikus hívei is elszakadtak egyházmegyéjüktől. A Szovjetunióban az ateista harc a hivatalos politika szintjére emelkedett. Egyházi, vallásfelekezeti közösségeket, intézményeket likvidáltak, államosították az egyházi vagyont, elvették a templomokat több településen is, tilos lett a hitoktatás, elkobozták az anyakönyveket stb.
1945-1952 között a 48 latin szertartású pap közül 19-et letartóztattak. Szovjetellenes tevékenységgel vádolták őket. A kisráti I laklik Sándor esperes, Pásztor Ferenc beregszászi főesperes Szibériában halt meg. Csáti József segédlelkészt halálra ítélték, majd kegyelmet kapott, így maradt életben. 10-25 évre ítélték el a tiszaújlaki Árvay Dezsőt, a kisszelmenci Bakó Zoltánt, a benei Galambos Józsefet, az aknaszlatinai Heveli Antalt, a felsődomonyai Homolya Pétert, a dolhai Horváth Ágostont, a nevetlenfalui Tempfli Istvánt, a bárdházi Tindira Ernőt, a szerednyei dr. Tóth József plébánost, az ungvári dr. Bujaló Bernát vikáriust, a nagyszőlősi Bártfay Kálmán főesperest, az őrdarmai Lőrincz Istvánt, a huszti Tőkés Györgyöt, a munkácsi Sörös János esperest, Hudra Lajos beregszászi segédlelkészt; Plakinger Pál ungvári káplán is fogságban volt Szibériában. 1956-tól a római katolikus papokat is hazaengedték a lágerekből, valamennyien amnesztiában részesültek, később rehabilitálták őket. A meghurcolt, egészségileg megrokkant papok szigorú állami megfigyelés alatt végezhették szolgálatukat.
A kárpátaljai római katolikus egyházat a püspökválasztásig a következő vikáriusok irányították: Pásztor Ferenc beregszászi főesperes (1945-1949), dr. Bujaló Bernát ungvári főesperes (1949-1952), Mészáros János ungvári plébános (1952-1956), majd ismét dr. Bujaló Bernát lett, de betegsége miatt lemondott, újra Mészáros Jánost ismerte el a hatalom vikáriusnak, majd az ő visszavonulása után, 1961-től Zavodnyik Tibor lett, 1984-ben bekövetkezett haláláig; az ő nevéhez fűződik, hogy felvette a kapcsolatot a katolikus egyház római központjával, ebben lelkes segítőtársra talált dr. Brezanóczi Pál aknaszlatinai születésű egri érsek személyében, aki 1971-ben hunyt el. 1985-ben a vikáriusi tisztséget egy röpke ideig Szegedi Jenő, majd Galambos József huszti plébános töltötte be. 1985-től Csáti József munkácsi plébános haláláig, 1985-ig volt vikárius, majd őt Hudra Lajos aknaszlatinai lelkipásztor váltotta fel. Az utóbbi két vikáriust már a római pápa nevezte ki. Történt ez Antonio Franco, Ukrajna első vatikáni nunciusa által, aki 1992 júliusától kezdte el ukrajnai tevékenységét, egyben ő lett a Szentszék által Kárpátaljára kinevezett ordinárius, apostoli kormányzó (adminisztrátor). Emellett választott három püspöki helynököt a nemzetiségek szerint: Majnek Antalt a magyarok, Zsarkovszky Pétert a szlovákok és Nádor Albertet a németek számára.
Az 1989. május 20-24 közti időszak fordulópontnak tekinthető, amikor Kárpátalján lelkipásztori látogatást tett Paskai László bíboros, esztergomi érsek. Részben az ő, részben dr. Seregély István egri érsek ugyanazon év novemberi látogatásának köszönhetően pozitív változások észlelhetők.
Visszaadták a hatóság által korábban elvett templomokat, engedélyezték a hittanoktatást, új templomok építését, a kárpátaljai fiatalok papi pályára történő jelentkezését. Nagy eseménynek számított az első helyi születésű, Pap Sándor szentelése Munkácson 1992-ben. Már több mint tízen tanulnak különböző szemináriumokban papnak és néhány lány szerzetesnővérnek készül.
A Szentszék 1993-ban, az államhatárokat elismerve, véglegesen elválasztotta a Szatmári Egyházmegyétől Kárpátalját, s az így önálló apostoli kormányzóság (adminisztratúra) lett. A Szentatya 1995. december 9-én az adminisztrátor segédpüspökévé nevezte ki Majnek Antal nagyszőlősi ferences szerzetest. Szentelését a Pápa végezte 1996. január 6-án a római Szent Péter bazilikában. Ezt megelőzően a Szentszék Majnek Antal segédpüspököt nevezte ki az adminisztrátor általános helynökévé, így a magyarok püspöki vikáriusa Papp Tihamér OFM lett, a németeké pedig Jozef Trunk, schönborni plébános, Bohán Béla pedig jogi tanácsos.
70 ezer római katolikus él Kárpátalján. Ebből 85% magyar, 7% szlovák, 5% német, 3% rutén-ukrán. Ezenkívül 36 plébánia-templomban, 36 filiális templomban és néhány helyen magánházban, illetve görög rítusú katolikus templomban folyik latin szertartású szentmise. 1998-ban a keresztelések száma 392, az esketéseké 180, a temetéseké 598, az elsőáldozóké 421, a bérmálásoké pedig 62 volt. A liturgia nyelve 45 helyen magyar.
Nagy a paphiány. Az aktív papok száma 32. A plébániák száma 45, ebből betöltött 20, oldalagosan ellátott (önálló pappal nem rendelkező, de a szomszéd plébános által ellátott egyházközség) 28. A filiák száma 21. Az utóbbi időben ferences és jezsuita miszszionáriusok szolgálnak Kárpátalján, akik Magyarországról, Romániából, Szlovákiából és Németországból érkeztek.
A II. világháborút követően is virágzó kárpátaljai görög katolikus egyház ellen a kommunista terror időszakában átfogó támadást indítottak. Először püspöküket, Romzsa Tódort 1947-ben meggyilkolták. 1949-ben megkezdődött a görög katolikus papok és a vallásilag aktív civilek letartóztatása. 173 lelkipásztor nem volt hajlandó átállni a pravoszláv (keleti ortodox) egyházhoz. Közülük 129-et ítéltek el 25 évi fogságra és száműztek a szibériai vagy kazahsztáni lágerekbe, ahol 16-an meghaltak. 126-an voltak a megalkuvók, akik engedtek a kényszernek, átálltak a pravoszláv egyházhoz, de ezek nagy része is idővel visszatért felekezetéhez. Az 1949-ben betiltott görög katolikus egyháztól közel 400 templomot és egyéb létesítményt vettek el, ezek jelentős részét átadták az Orosz Ortodox Egyháznak, számos templomból raktárat, szerelőüzemet, tornatermet stb. csináltak.
A görög katolikus egyház azonban mégsem szűnt meg létezni, illegalitásban működött, az el nem hurcolt papok titokban folytatták lelkipásztori tevékenységüket. Az 1956-os általános amnesztia után hazatért papok csatlakoztak a helyiekhez. Chira Sándor püspök a karagandai száműzetésből titokban hazajárva 50 papot és több püspököt szentelt fel, természetesen a Szentszék engedélyével, így 1978 augusztus 24-én püspökké szentelte Szemedij Ivánt, aki 1979-től az egyházmegye ordinárius püspöke. 1987-ben Holovács Józsefet szenteli püspökké. A nemrég elhunyt dr. Ortutay Elemér pedig „egyszemélyes teológiaként" papokat képzett az egyház számára.
Az egyház működésének hivatalos engedélyeztetésére 1989. december 13-án került sor. Azóta az újjászületett, római alárendeltségű egyház - Szemedij Iván püspök vezetésével - reneszánszát éli, 113 templommal, 295 parókiával, 81 vasárnapi iskolával, papi szemináriummal rendelkezik. A mintegy 300 000 görög katolikus lelkigondozását 143 pap látja el. Az ukrán-ruszinok mellett kb. 30 ezer magyar és 16 ezer román is ezt a hitet vallja. 1991-ben megnyílt a Romzsa Tódor nevét viselő papi szeminárium Ungváron. Megindult a hitoktatók képzése is.
A kárpátaljai görög katolikus egyházmegye továbbra is a római Szentszék közvetlen alárendeltségében működik. Az ezredforduló után az egyházmegye rendkívüli eseményre készül: folyamatban van Romzsa Tódor vértanú püspök boldoggá avatásának ügye.
A fent említetteken kívül Kárpátalján több vallásfelekezet működik, amelyeknek szintén vannak magyar híveik (pravoszláv, baptista, evangélista, metodista, szombatista stb.).
Az adventisták népes gyülekezetei találhatók Muzsalyban, Bustyaházán, Beregrákoson és Munkácson, új imaházakat építenek. A magyarlakta településeken számots tagja van a baptista és pünkösdista gyülekezeteknek, továbbá a Jehova tanúi szektának. Az izraelita vallású magyarok, illetve a magyar ajkú zsidók lélekszáma közel kétszázra tehető. Zsinagóga Huszton, Ungváron, Munkácson, Beregszászban és Nagyszőlősön működik. A kitelepülő magyar ajkú zsidók helyét az ország belső részeiből ideköltöző orosz és ukrán ajkú zsidók vették át, akiknek érdekvédelmi szervezetük is van.