A mohácsi csatavesztés után rövidesen Somogyban is megjelent a török. Bécs ellen vonulva, 1532-ben a fősereg mindvégig a Dráva innenső oldalán haladt Kanizsáig, majd onnan Kőszegig. Somogy az 1540-es években már közvetlen veszélybe került. Több dunántúli megye 1547-ben a rábahidvégi részgyűlésen kerületi főkapitányt választott, állandó had fenntartásáról határozott, és elrendelte a dunántúli végvárvonal kiépítését. A Balaton vidékét ettől kezdve délről olyan, árkokkal, földsáncokkal és palánkokkal megerősített várak védték, mint például éppen Somogyvárt. A dunántúli várak 1543–1544. évi elfoglalását követően kialakult magyar végházak sora meglehetősen szeszélyesen kanyargó vonalat (Vértes–Bakony–Balaton és a somogyi dombokon: Fonyód, Somogyvár, Marcali, Szenyér, Korotna, Kaposújvár, Csurgó, Berzence, Babócsa és Szigetvár) rajzolt.
1543-ban már törökök lakták Pécsvárad és Szekszárd megerősített kolostorát. A miénk azonban ekkor még elkerülte a török megszállást. Mivel erődítései már nem voltak elégségesek a védelemre, I. Ferdinánd 1543. július 2-án és november 2-án kelt levelében néhány száz forintot adott, és engedélyezte tizenöt lovas, valamint húsz gyalogos felfogadását.
Helyzetéből adódóan Somogyvár alkalmas lett volna arra, hogy komolyabb erődítménnyé váljon. Fekvése is előnyös volt, hiszen három oldalról nagy terjedelmű mocsár védte a várhegyet. Az erődöt mégsem építették meg, jóllehet az 1546:44. tc. egyértelműen kimondta, hogy az uralkodó gondoskodjon Dombó, Kaposújvár, Somogyvár, Lak, Sziget, Tihany, Csesznek és Szent Márton váráról.
A várban 1549-ben – Bakay szerint – már 24 hajdú állomásozott, egy év elteltével pedig 32 huszár és 32 gyalogos őrködött az erődített kolostorban. A környék kiváló ismerője, Szakály Ferenc történész szerint ezt a 64 főt az előző 24-hez vezényelték. Somogyvár elavult erősségét azonban nem lehetett sokáig tartani. Zrínyi Miklós horvát bán 1555. március 14-én azt írta Nádasdy Tamásnak, hogy „ha a török Somogyvárt fölépíti, jaj akkor Kanizsának, Csurgónak, sőt Pettaunak és a többi szomszéd tartománynak is”.
Kaposújvár, Korotna és Babócsa 1555 őszén török kézre került. Kaposújvár az őrség 1555. szeptember 4–17. közti bátor helytállása ellenére a törökök birtokába jutott. Somogyvárt és a megerősített monostort 1556-ban Tojgun budai pasa dunántúli hadjárata során foglalták el. Babócsa 1566 szeptemberében, Szigetvár bevétele után lett végleg a törököké. A legerősebb hely, Sziget a török fennhatóság alatt álló területbe mélyen behatolva veszélyeztette a Konstantinápoly–Eszék–Buda hadi utat, s mind félelmetesebbé vált a hódítók számára. Szigetvár végül a legendás és kitartó harc után, 1566. szeptember 7-én, Zrínyi Miklós hősi halálát követően került török kézre. A megszállók 1571-ben Somogy megyét két tartományra osztották. A két szandzsák székhelye Szigetvár és Koppány lett. Miután Somogy megye területéből csupán egy igen keskeny sáv maradt a megfogyatkozott Magyar Királyságban, az 1596-os országgyűlés megszüntette közigazgatási önállóságát, és Zala vármegyéhez csatolta.
Somogy népe ezután másfél évszázadon át élte a hódoltsági határvidék békésnek korántsem mondható mindennapjait. A maradék lakosság kétfelé adózott, s közben szenvedte a török és a magyar végházak katonáinak gyakori portyázásait. A hódoltság alatt a falvak jelentős része elnéptelenedett. Somogy megye községeinek majd hetvenöt százaléka elpusztult. Mindez természetesen a középkori településszerkezet megszűnését is jelentette.
A XVI. században a magyarság árván maradt helyére komoly mértékű délszláv betelepülés történt. Ahogy a kaposvári káplán, Csányi Ferenc írta: „A mohácsi vész után a török dúlása megváltoztatta a [vallási] viszonyokat. A déli részekből a törökkel beözönlött rácz zsoldosok s a protestantizmus kereszttűzbe vették a kath[olikus] egyházat úgy, hogy a XVII. század elején főkép[p] a török hódoltság területén alig volt hírmondója a kath[olikus] egyháznak.” Nyilván már csak emiatt is és persze a helyi népesség pusztulása miatt tanúsított nagy érdeklődést a katolikus egyház a hódoltsági területek iránt. A veszprémi püspök, Jakusich György 1642-ben kezdeményezte az andocsi jezsuita misszió megindítását. A jezsuiták 1686-ig tevékenykedtek a fennhatóságuk alá vont 56 faluban.
Az adószedő Fülöp deák 1534-ben még összeírta a megye portáit és ezeknek birtokosait. Ezen összeírás nyomán tájékozódhatunk Somogy XVI. század eleji birtokos osztályáról és a porták elszegényedéséről, teljesen pusztulásáról. Somogyban ekkor összesen 7348 porta volt, ezekből elszegényedett vagy elpusztult 2826. Ép állapotban tehát 4522 maradt. Maga a főösszeg 1495. évi összeíráshoz képest 3637 portával kevesebbet tüntet fel. A somogyvári birtokos, Török Bálint 36 portával és 19 jobbággyal rendelkezett.
1542-ben Tetvesi Miklós adószedő járásába tartozott a mezőváros, amelynek ekkor két birtokosa is volt: Báthory András 25, a somogyvári apát pedig hét portát mondhatott ekkor a magáénak. Hét évvel később Báthory András és Pethő János már csak egy-egy portát bírt. 1550-ben birtokosként a Pethő család megjelent a községben. Ugyanekkor a másik földesúr továbbra is Báthory András. Egy török forrásból pedig azt is tudjuk, hogy a mezővárosban 1581-ben tíz iflák, vagyis szerb határőr élt. Mint rablók jöttek be a törökkel, s a kipusztított üres helyeken telepedtek meg. Szolgálataik fejében sokkal kevesebb adó fizettek, mint a magyarok. Katonai feladataik ellátása mellett földműveléssel is foglalkoztak, s a török hatóságok részéről számos kedvezményben részesültek az őslakossághoz képest. „Főképp Somogyvár vidéke, egészen a Balatonig volt kitéve dúlásaiknak. A megszállott helyeken nagyon hatalmaskodtak, kitúrták egyenkint a magyar birtokosokat, miért is 1586-ban határozattá lőn a földesurak között, hogy a thrákoknak (rácok) a Somogyvár és Balaton közt lévő falvait elpusztítják. A rácok dúlása s a magyarok haragja folyton növekedett s 1603-ban Ráttky Menyhért a végbeliekkel a koppányi tartománybeli rácokat rabolta és pusztította.
Hogy Somogyvárt a török jól megerősíthette, arra vall a Somogyvár és Öreglak közt levő Beslia nevű szőlőhegy. A besliák …a legharciasabb lovasok voltak, kik úgy vitézségre, mint zsoldra nézve is felülmúlták a többi katona osztályokat” – írja Csányi egy helyütt.
Az 1660. évi pannonhalmi főapátsági dézsmaváltságjegyzék szerint a helység Szentgyörgy várához tartozott. 1677-ben Széchenyi György kalocsai érsek nyerte el adományul a hűtlenségbe esett és kivégzett Nádasdy Ferenc országbíró elkobzott birtokaiból.
A XVI. századi kolostor alaprajza (Bakay) |