Sárszentágota közigazgatási területének keleti része a Közép Mezőföld kistájban, míg a nyugati része a Sárvíz völgye kistájban helyezkedik el. Tengerszint feletti magassága 103-109 méter.
Természetföldrajzi adottságait befolyásolta a Sárvíz-csatorna, (eredeti nevén Nádor csatorna) a szikes tavak. Talajviszonyaira jellemző az iszapos, agyagos homoktalaj. A régebbi korokban ezek a talajviszonyok és földrajzi adottságok az emberi élet fejlődése szempontjából döntő tényezőnek bizonyultak.
Az egykori mocsár és lápterület ma kultúrterület. A szikes tavak mentén sziksófű, sóballa, magyar palka, bajuszpázsit népesíti be a tavak mentét, mely természetvédelmi terület. Több madártani kutató foglalkozott az itt fészkelő és a madárvonulások idején itt megpihenő madárfajok vizsgálatával kutatásával. A helyben fészkelők száma 59, az átvonuló madárfajt 45 fajtatípusban számlálták meg. A XIX. Század második fele óta ráfigyelnek a település és környékének madár- és növényvilágára.